Faili ya index ya BAM ni nini?
Faili ya index ya BAM ni nini?

Video: Faili ya index ya BAM ni nini?

Video: Faili ya index ya BAM ni nini?
Video: ЧТО ЕСЛИ МАМА ДЛИННЫЕ НОГИ УМЕРЛА...😲 МУЛЬТ ПОППИ ПЛЕЙТАЙМ 2024, Novemba
Anonim

A Faili ya BAM (. bam ) ni toleo la binary la SAM faili . SAM faili (. sam) ni maandishi yaliyotenganishwa na kichupo faili ambayo ina data ya upatanishi wa mfuatano. Kuorodhesha : IGV inahitaji kwamba wote SAM na Faili za BAM kupangwa kwa nafasi na indexed , na kwamba faili za index kufuata mkataba maalum wa majina.

Vivyo hivyo, watu huuliza, ninawezaje kufungua faili ya BAM?

Kutoka Faili chagua menyu Fungua na uchague Faili za BAM kutoka upande wa kushoto. Chagua kitufe cha kulia kinachosema Ongeza a Faili ya BAM . Nenda kwenye BAM Mtihani Mafaili folda uliyopakua chagua kwa_index_with_graph. Bofya Fungua , chagua ramani.

Pili, ninawezaje kubadilisha faili ya BAM kuwa Fastq? Zifuatazo ni hatua za Kubadilisha Faili ya BAM hadi umbizo la FASTQ. Hii itafanya kazi kwenye Linux na itahitaji SAMTOOLS na BEDTOOLS

  1. Pakua SAMTOOLS.
  2. Dondoo kwa kutumia Amri tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
  3. Itaunda folda kwa jina samtools-version.
  4. Sogeza kwenye saraka cd samtools-version.

Vivyo hivyo, ninabadilishaje faili ya BAM kuwa faili ya SAM?

Kwa Badilisha SAM kwa BAM , tunatumia amri ya mtazamo wa samtools. Lazima tubainishe kuwa ingizo letu liko ndani Muundo wa SAM (kwa chaguo-msingi inatarajia BAM ) kwa kutumia -S chaguo. Ni lazima pia kusema kwamba tunataka pato kuwa BAM (kwa chaguo-msingi hutoa BAM ) na -b chaguo.

Je, Samtools ana maoni gani?

Samtools ni seti ya huduma zinazodhibiti upangaji katika umbizo la BAM. Inaagiza kutoka na kuuza nje kwa umbizo la SAM (Mpangilio wa Mfuatano/Ramani), hufanya kupanga, kuunganisha na kuweka faharasa, na kuruhusu kurejesha usomaji katika maeneo yoyote kwa haraka. Samtools imeundwa kufanya kazi kwenye mkondo.

Ilipendekeza: